GFF文件转换Genbank文件及Mauve多序列比对

GFF文件转换Genbank文件及Mauve多序列比对

前言

有很多软件都可以完成gff文件到genbank文件的转换,如脚本:https://github.com/chundruv/GFF-to-GenBank 但该脚本需要依赖BioPython和BCbio,安装起来较为麻烦,在这里不做推荐。

此处推荐使用更便捷的软件EMBOSS Seqret

一、GFF文件转换为Genbank文件

输入文件:gff3文件和fasta文件

1. 软件安装-EMBOSS

#conda安装 emboss

conda install -c bioconda emboss

2. 软件说明及运行

(base) [hty@master]$ seqret -h

Read and write (return) sequences

Version: EMBOSS:6.6.0.0

Standard (Mandatory) qualifiers:

[-sequence] seqall (Gapped) sequence(s) filename and optional

format, or reference (input USA)

[-outseq] seqoutall [.] Sequence set(s)

filename and optional format (output USA)

Additional (Optional) qualifiers: (none)

Advanced (Unprompted) qualifiers:

-feature boolean Use feature information

-firstonly boolean [N] Read one sequence and stop

General qualifiers:

-help boolean Report command line options and exit. More

information on associated and general

qualifiers can be found with -help -verbose

#运行命令

seqret -sequence Your.fasta -feature -fformat gff -fopenfile Your.gff3 -osformat genbank -osname_outseq Output_prefix -ofdirectory_outseq gbk_file -auto &

#-sequence Your.fasta 输入fasta文件

#-fopenfile Your.gff3 输入gff3文件

#-osname_outseq Output_prefix 输出文件前缀

二、Mauve进行多序列比对

使用Genbank文件进行多序列比对时,注意Mauve对Genbank文件格式的要求非常严格,Genbank文件后缀需要.gb结尾。

1. 打开Align with progressiveMauve模式

2. 选中需要进行比对的gb文件

【注意事项1】参考基因组需要放在首位。

【注意事项2】Output文件夹需要新建,保证文件夹中无任何文件。

【注意事项3】Output文件路径在新建的文件夹内,路径不能有中文,需要写输入文件前缀。

3. 点击Align并等待结果

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